Deze Hendrick Bader krijgt opdracht om het bovenste deel van het orgel te vernieuwen. Dit wordt een hoofdwerk van tien en een pedaal van vijf registers, dit voor een bedrag rvan Fl. 3500,00. Na een waterschade wordt het orgel gerepareerd door Hendrick Bader zelf. Tot 1658 blijft het stil todat de zoon van Atent van Benthem, Derck, wijst op de 'reddeloosheijt van eenige orgelpijpen.' De uitgevoerde reparatie is tevens de laatste die door een Bader wordt gedaan. Hierna komt de naam Bader in verband met het orgel niet meer voor.
Tot het jaar 1800 worden er nog diverse reparaties aan het orgel verricht maar de algehele toestand is rond dat jaar ronduit slecht. Wederom volgen jaren van reparaties, uitbreidingen en zelfs een verplaatsing. J.W. Timpe, orgelmaker uit Groningen, is als reparateur tot aan 1820 aan het orgel verbonden. Toch blijft het een probleem om het orgel voor een periode langer dan acht dagen zuiver te stemmen.
In de vergadering van de kerkvoogdij van 4 juni 1832 wordt besloten om contct te leggen met orgelmaker J. Bätz uit Utrecht. 11 December datzelfde jaar begint Bätz met de uitvoering van zijn werkzaamheden die hij in een rapport had samwengevat. Niet alle door hem voorgestelde vebeteringen mogen worden uitgevoerd daar het bestuur niet voldoende geld bijeen kan brengen. Bätz beklaagt zich met name over de ongelukkig gekozen standplaats, die een schadelijke invloed zou hebben op de toon en stemming van het orgel. Intoneren en stemmen zijn volgens hem een geldverslindende operatie wat hij aantoont met een specificatie. Hierin vormt loon de grootste kostenpost. De orgelmaker heeft geen gehoor meer gegeven aan een verzoek in 1838 om het orgel te komen stemmen. Hij was het waarschijnlijk beu.baderorgel
Hierna volgt een periode van een kwart eeuw waarin onderhoud, stemmen en schoonmaken aan wisselende firma's wordt uitbesteed. Vanaf 1880, het jaar waarin de kerkvoogden contact leggen met J.F. Witte, voortzetter van de fa. Bätz, volgt na een gezamenlijke inspectie het antwoord dat sommige pijpen zijn dichtgeknepen en daarom geen geluid meet kunnen produceren. Een dure schoonmaakoperatie kan achterwege blijven mits de verkeerd behandelde pijpen worden gerepareerd. Restauratie blijft achterwege, ondanks aandringen hierop in 1891. Het zal nog tot 1904 duren alvorens er beweging komt op het restauratiefront.
Spit, stemmer in dienst van Wittebegint als zelfstandige na de lquidatie van Bätz, trekt de conclusie dat algemene schoonmaak en herstel van onderdelen noodzakelijk is. Zijn begroting van fl. 4350,00 probeert de kerkvoogdij te financieren door het uitschrijven van een langlopende renteloze lening. Opnieuw vertraging na een voorstel in de kerkvoogdij om het orgel terug te plaatsen onder de toren.
Tweede probleem is de restauratie van het gebouw. De buitenkant daar wordt al vele jaren aan gewerkt maar de vraag is wanneer men aan het interieur begint. De restauratie-architect, de beroemde P.J.H. Cuypers, adviseert het orgel in het noordtransept (-dwarsschip) te plaatsen. Oktober 1905 komt men tot een overeenkomst. Het orgel zal vóór de toren onder het eerste gewelf komen. De plek waar wij haar hedendaags nog steeds kunnen bewonderen. Dat wij het orgel als een pronkstuk beschouwen met een fantastiche klank mag en wonder heten. De jaren na de oplevering wordt op alles wat het orgel kost bezuinigd. Behalve dan nog een schoonmaak aan de pijpen in 1918 die vol zitten met kalkstof nog uit de restauratieperiode.
Alle hout is geen orgelhout, sprak Fred Matter op 9 september 1995 in zijn inleiding voor donateurs tijdens een bezoek aan de orgelmakerij Gebr. Reil te Heerde.
Tegenwoordig (1995) zijn hout en materialen relatief duur als je bekijkt dat van de totale kosten die de restauratie met zich meebracht 83% arbeidsloon bedroeg.
In de tijd dat Bader rond 1640 het orgel bouwde zal dit waarschijnlijk andersom geweest zijn. Niet de arbeidstijd maar de vraag hoe de materialen op de werkplek te krijgen speelde toen een grote rol. uit onderzoek is gebleken dat er destijds veel verschillende kwaliteiten zijn gebruikt. Vaak is uit analyse te achterhalen uit welke mijnen of welk gebied het lood, gebruikt voor het pijpwerk, afkomstig is. Heel wel denkbaar is het dat de gebruikte materialen dor bemiddeling van de stad is aangeleverd en dat voor het lood van de pijpen wellicht omgesmolten regenafvoer is gebruikt. Ook in het houtwerk zitten grove noesten, zeg maar bouwhout. Dat in tegenstelling tot het hout wat nu wordt gebruikt voor de orgelbouw. Elke boom wordt al een individue gezien met een eigen klankkleur. Het gebruik van vele houtsoorten door elkaar kan een goedklinkend orgel geven echter niet elk stuk hout is overal geschikt voor en moet je niet in posities dwingen waar het niet thuis hoort.